「クレヨンしんちゃん」への登場や、米国で制作された「ゴジラ　ザ・シリーズ」など過去に幾度かアニメ化されているゴジラだが、劇場版アニメ化は 世界初。『シン・ゴジラ』の後を継ぎ、2014年に公開されたハリウッド版『GODZILLA ゴジラ』の続編（2019年全米公開）、さらに『ゴジラVSコング（原題） / Godzilla vs. Kong』（2020年全米公開予定）へのバトンをつなぐ一本として、2017年の公開を目指す。

　制作にあたっては、累計興収60億円を突破する大ヒット作『名探偵コナン　純黒の悪夢（ナイトメア）』の静野孔文と、『亜人』シリーズの瀬下寛之 を迎えたダブル監督体制を構築。ストーリー原案・脚本はテレビアニメ「魔法少女まどか☆マギカ」「PSYCHO-PASS サイコパス」シリーズで知られる虚淵玄が担当する。アニメーション制作は「シドニアの騎士」などのポリゴン・ピクチュアズ。